На этот вопрос уже есть ответ здесь:
По какой-то причине shutter делает скриншоты как смесь своих значков, а не настоящих. Есть ли похожая проблема с определенными решениями?
Это пример снимка экрана:
Благодаря @Videonauth в комментарии, изменяющем вход в систему Ubuntu Xorg теперь эта работа. Также вопрос от @pomsky направляет меня к решению. Теперь XDG_SESSION_TYPE является x11