Несвязанные взаимодействия на GPU требовались, но не поддерживались для этих настроек моделирования
Я получаю эту ошибку, когда я выполняю Gromacs на GPU: Где проблема может быть?
Спасибо
GROMACS: gmx mdrun, version 2018
Executable: /opt/Gromacs-5.1.4/bin/gmx
Data prefix: /opt/Gromacs-5.1.4
Working dir: /home/linux/Downloads/test
Command line:
gmx mdrun -deffnm md -nb Agpu
Отступите! Я просто создал резервную копию md.log кому: ./#md.log.7
# NOTE: GPUs cannot be detected:
CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version
Can not use GPU acceleration, will fall back to CPU kernels.
Reading file md.tpr, VERSION 2018.3 (single precision)
Несколько энергетических групп не реализованы для GPU, отступив к ЦП. Для лучшей производительности на которой работают, GPU без энергетических групп и затем делает gmx mdrun - повторно выполняют опцию на траектории с энергетической группой .tpr файл.
Program: gmx mdrun, version 2018
Source file: src/gromacs/taskassignment/decidegpuusage.cpp (line 292)
Function: bool gmx::decideWhetherToUseGpusForNonbonded(gmx::TaskTarget, const std::vector<int>&, EmulateGpuNonbonded, bool, bool, bool)
Inconsistency in user input:
Nonbonded interactions on the GPU were required, but not supported for these
simulation settings. Change your settings, or do not require using GPUs.
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
1 ответ
здесь существует некоторая идея: Вы не можете использовать несколько energygrps ни в каком .tpr файле, который будет выполнен на GPU. Предыдущие версии работали, но энергетический вывод группы был мусором. Отдельные группы должны только быть указаны как анализ и сделаны с mdrun - повторно выполненный на ЦП.
https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2018-August/121644.html
Другими словами, необходимо удалить энергетические группы из .mdb файла. Чем Вы может добавить их на повторно выполненном шаге для вычисления свободной энергии, например.