что делает период (.), делают при использовании rsync

Одно использование . в rsync должен ограничить объем информации пути, которая отправляется как подразумеваемые каталоги за каждым путем, который Вы указываете.

rsync -avR /src/path/to/dir/./file /target/

создает file в /target в то время как:

rsync -avR /src/path/to/dir/file /target/

был бы создавать /src/path/to/dir/file в /target.

Другое использование состоит в том, когда Вы используете rsync с -d опция:

rsync -d /boot /target

скопирует boot в /target в то время как: rsync -d /boot/ /target или: rsync -d /boot/. /target скопировал бы содержание /boot в /target.

Как я вижу, это Ваша ситуация, это не имеет никаких значений.

документация rsync