На начальной установке Xubuntu я должен включить Veracrypt во время установки, или то, что что-то, что может быть сделано после установки?
Что лучший метод должен сделать полное шифрование диска на новой чистой установке.
Необходимо использовать созданный в полном Шифровании диска через LUKS. Это - часть установки для установки во время опций раздела.
Если Вы пойдете другим путем Вы, то у любого не будет полного шифрования диска (такой как с домашней папкой только шифрование), или необходимо будет вручную скопировать весь диск в новый зашифрованный том.