Как может поддерживающий пакет предотвращать конфликты файлов с пакетами Ubuntu, например, пытаться перезаписать «файл», который также находится в пакете?

Dropbox по-прежнему является приложением gtk2, а Unity и текущий Gnome - на gtk3. Приложения Gtk2 сохраняют свои настройки в gconf вместо dconf. Возможно, они вышли из синхронизации.

Отредактируйте следующий ключ:

/desktop/gnome/applications/browser/exec

с пользовательским интерфейсом gconf-редактора (доступен как пакет) или командой gconf:

gconftool -s /desktop/gnome/applications/browser/exec -t string google-chrome

Не в последнюю очередь есть система альтернативных вариантов debian, используйте пакет galternatives и клавишу изменения x-www-browser по своему усмотрению.

Обратите внимание, что google-chrome не совпадает с chromium-browser ].

Также возможно, что dropbox поддерживает браузер, с которым он столкнулся во время установки, в этом случае сообщите об ошибке.