На этот вопрос уже есть ответ здесь:
~/project$ plot 'dis_xsq_out.dat' u 1:2:3
Command 'plot' not found, but can be installed with:
sudo apt install plotutils
Вы, кажется, пытаетесь выполнить Gnuplot plot
управляйте непосредственно от терминальной оболочки. Вместо этого необходимо выполнить его от собственной интерактивной оболочки Gnuplot:
$ gnuplot
G N U P L O T
Version 5.2 patchlevel 2 last modified 2017-11-01
Copyright (C) 1986-1993, 1998, 2004, 2007-2017
Thomas Williams, Colin Kelley and many others
gnuplot home: http://www.gnuplot.info
faq, bugs, etc: type "help FAQ"
immediate help: type "help" (plot window: hit 'h')
Terminal type is now 'wxt'
gnuplot>
gnuplot> plot 'dis_xsq_out.dat' u 1:2:3
С другой стороны, можно выполнить его как остроту оболочки:
gnuplot -p -e 'plot "dis_xsq_out.dat" u 1:2:3'