Если вы пытаетесь переместить клавишу Shift, есть несколько дополнительных шагов:
xmodmap -e "keycode 62 = Up" # Shift => Up
xmodmap -e "keycode 111 = Shift_R" # Up => Shift
xmodmap -e "add shift = Shift_R" # Make the new Shift key actually do shifting
xmodmap -e "remove shift = Up" # Prevent the old Shift key from shifting
xset r 62 # Make the new Up key autorepeat
xset -r 111 # Prevent the new Shift key from autorepeating