Synaptic имеет собственный файл конфигурации, отдельный от dpgk, поэтому это будет ручной процесс.
Чтобы помещать закрепленные пакеты Synaptic в режим ожидания:
sed -n '/Package:/h;/Pin:/{g;s/\(Package: \)//;s/.*/& hold/p}' < /var/lib/synaptic/preferences | sudo dpkg --set-selections
Если вы хотите изменить удерживаемые пакеты обратно для установки:
dpkg --get-selections |sed -n '/hold/H;s/hold/install/p'| sudo dpkg --set-selections