Извлечение нескольких файлов rpm и перезапись существующих файлов

Файлы не удаляются в файловой системе, если даже один процесс имеет дескриптор открытого файла для таких файлов. Вероятно, это произошло с вашим файлом журнала, и поэтому перезагрузка решила проблему.

Кроме того, дисковое пространство и память обычно означают разные вещи.