Редактировать заголовок FASTA

Я хочу удалить часть заголовка всех моих последовательностей в файле fasta, поэтому в качестве заголовка отображается только номер Otu.

Итак, из:

>M02300_51_000000000-CJMTC_1_1115_17014_15334   Otu0001  
T-AC--GG-AG-GGT---GCA-A-G-C--G-T-T--AA-T-CGG-AA--TT-A-C-T

Я хотел бы изменить его на:

>Otu0001  
T-AC--GG-AG-GGT---GCA-A-G-C--G-T-T--AA-T-CGG-AA--TT-A-C-T

Я считаю, что это возможно с помощью команды sed, но я не смог заставить его работать. Любая помощь будет отличной! Заранее благодарю.

3
задан 30 June 2020 в 19:04

1 ответ

Я ничего не знаю о структуре FASTA, но если подстрока Otu не может появиться где-либо еще в заголовке, то

sed 's/^>.*Otu/>Otu/' file.fasta

должен это сделать

4
ответ дан 30 July 2020 в 22:17

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: