Я хочу удалить часть заголовка всех моих последовательностей в файле fasta, поэтому в качестве заголовка отображается только номер Otu.
Итак, из:
>M02300_51_000000000-CJMTC_1_1115_17014_15334 Otu0001
T-AC--GG-AG-GGT---GCA-A-G-C--G-T-T--AA-T-CGG-AA--TT-A-C-T
Я хотел бы изменить его на:
>Otu0001
T-AC--GG-AG-GGT---GCA-A-G-C--G-T-T--AA-T-CGG-AA--TT-A-C-T
Я считаю, что это возможно с помощью команды sed, но я не смог заставить его работать. Любая помощь будет отличной! Заранее благодарю.
Я ничего не знаю о структуре FASTA, но если подстрока Otu
не может появиться где-либо еще в заголовке, то
sed 's/^>.*Otu/>Otu/' file.fasta
должен это сделать