Linux и другие системы типа Unix очень мощны из командной строки, но очень неумолимы после запуска процесса. Отправляя процесс, сигнал kill наверняка убьет процесс, который работает, но имейте в виду, что вы оставляете базу данных в неустойчивом состоянии. Последняя запись может быть закрыта неправильно, поэтому вам придется ремонтировать базу данных. Не всегда с apt, но с любым приложением.
Всегда старайтесь закончить приложение в обычном режиме и только убивать процессы, которые запускают приложения.