Я понимаю, что установка wubi создает файл в разделе Windows, а затем загружается из него. Если вы вытерли окна, вы можете потерять этот файл.
Когда вы устанавливаете рядом с окнами, вы действительно устанавливаете его как свою собственную, полностью независимую ОС. Вы можете удалить раздел Windows, и ubuntu не будет затронут.