Вы не можете изменить порядок, в котором Ubuntu One загружает файлы. Я даже не уверен, что вы можете пропустить определенные форматы файлов.
Возможно ли, что вы можете войти в систему в Интернете и получить их непосредственно? Если вы разместите их в правильных папках, возможно, им удастся синхронизировать их до того, как Ubuntu One загрузит новые файлы.