На мой взгляд, я никогда не встречал никого, использующего пакеты Ubuntu от Eclipse. И я не думаю, что это сделано для использования таким образом. Мой босс часто говорил мне, что ему все равно, какая ОС он работает во время работы в Eclipse, потому что в любом случае его основной ОС был Eclipse и SVN, и он ничего не меняет для использования в Windows или Ubuntu или что-то еще. Я думаю, что он прав.
Работа с файлами Eclipse и рабочими пространствами сложна: обращайтесь с осторожностью!