Похоже, вы проверили все, что может быть неправильно с MySQL. Следующее, что я хотел бы проверить, это проверить, работает ли MySQL еще и прослушивает правильный порт.
service mysql status
Если это заметка работает, запустите ее:
service mysql start
После этого я убедился бы он по-прежнему прослушивает порт по умолчанию, запустив
netstat -tlpen | grep mysql
Порт по умолчанию для MySQL равен 3306, поэтому он должен возвращать что-то вроде этого: