Вы можете сжать Windows (используя консоль управления дисками), а затем установить Wubi и использовать ее для создания разделов, а затем перенести установку Wubi на новые разделы. Это немного длиннее, но это определенно выполнимо. После этого вы можете удалить оставшиеся Windows, если важно удалить все трассировки.
См. Как конвертировать Wubi в обычную установку?
Формат NTFS был бы лучшим вариантом.
Вы можете отформатировать USB-накопитель с помощью встроенного в окно инструмента, который может находиться в меню правой кнопки мыши.
Итак, щелкните правой кнопкой мыши USB-накопитель, и это должно быть так же просто, как выбрать «формат» и выбрать «NTFS».