Вы должны пойти для Unix-файловой системы, поддерживая разрешения и inodes, чтобы Unix работал правильно.
FAT32 не поддерживает все вещи, которые нужны Unix, поэтому он просто не будет работать. [ ! d1]
Если вы точно не знаете, что делаете и / или имеете много времени, я бы воспользовался предложением процедуры установки.