Может ли сценарий запускаться с правами администратора, запустить другой скрипт как обычный пользователь?

Я не уверен в использовании сертификатов, но я использую Cisco vpns для подключения к работе, и я просто импортирую файлы .pcf в netowrk-manager и работает соединение. Возможно, вы можете попробовать это.

Кроме того, вы можете попробовать установить клиент Cisco VPN из cisco для Linux. Вот вам учебник. http://blog.bitengine.ca/?p=107