Это можно настроить, отредактировав ~/.gnupg/gpg-agent.conf. Представляют интерес два варианта: default-cache-ttl - время после нажатия клавиши до тех пор, пока оно не будет заблокировано, max-cache-ttl - это время после разблокировки ключа.
man gpg-agent не описывает, является ли max-cache-ttl значение 0 полностью отключает кеширование (поскольку оно временно отменяет действие) или отключает недействительность, но вы сможете легко реализовать. Если нет, подумайте о настройке на 1 (в секундах).
max-cache-ttl 0