Сначала вам нужно убедиться, что в вашей системе есть подходящая среда выполнения Java. Ubuntu имеет openjdk в официальном репо, который на 99,99% совместим с Oracle Java, чтобы установить его тип:
sudo apt-get install openjdk-7-jre
Затем создайте файл с именем java-jar-launcher.desktop в ~/.local/share/applications и поместите в него следующее содержимое:
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Java Application Launcher
Icon=java
Exec=/usr/bin/java -jar %U
Categories=Application;Java
Terminal=False
Затем добавьте следующую строку в ~/.local/share/applications/mimeapps.list:
application/x-java-archive=java-jar-launcher.desktop;
Теперь вы должны быть способны просто разархивируйте файлы jar для их запуска, если ничего не произойдет, щелкните правой кнопкой мыши на файле jar, выберите свойства, затем перейдите на вкладку «Открыть с» и там вы увидите «Java Application Launcher», выберите это.
Этот метод является предпочтительным (IMHO), потому что таким образом вы не даете разрешения на выполнение jar-файлов, которые могут быть потенциально опасными. Этот метод будет работать только в графической среде и требует, чтобы пользователь вручную дважды щелкнул файл.