for file in *.pdf; do pdf2djvu -o "$file.djvu" "$file"; done
Преобразует все файлы в djvu. Однако новые файлы будут называться с расширением .pdf.djvu.
Чтобы завершить преобразование в djvu и расширение .djvu, используйте:
for file in *.pdf; do pdf2djvu -o "${file%.pdf}.djvu" "$file"; done
Это будет с .pdf перед добавлением .djvu к имени файла.