Вы не можете создать новый профиль, но вы можете сбросить текущую конфигурацию, используя gconftool-2, изменить его и загрузить.
gconftool-2 --dump '/apps/gnome-terminal' > gnome-terminal-conf.xml
## Modify the file here.
gconftool-2 --load gnome-terminal-conf.xml
Помните, что он возвращает только значения, отличные от значений по умолчанию (или какой gconf обнаруживает как нестандартный), поэтому полученный файл не может быть завершен.