OpenJDK6 больше не поддерживается ubuntu, если вы установили его при обновлении ubuntu, OpenJDK6 будет обновлен до 7 попыток установить его из ppa или исходного кода, почему вы не устанавливаете OpenJDK7? у него есть все, что вам нужно для запуска программ, написанных в java6