apt-get и aptitude, похоже, не согласны; действительно ли у меня сломанные пакеты?

Вы можете использовать cron для этого, если хотите ...

sudo crontab -e

* /5 * * * pkill -9 <your process name here> ; <your process name here>

Убьет и перезапустит его каждые 5 часов. Дополнительные примеры ... Примеры Cron