Кто запускает скрипты внутри /etc/cron.hourly, если anacron включен?

Я думаю, что предпочтительный способ заставить Compiz использовать Emerald для оформления окна - создать файл ~/.config/compiz/compiz-manager и добавить следующую строку:

USE_EMERALD=yes

Скрипт /usr/bin/compiz-decorator ищет конфигурацию file

$XDG_CONFIG_HOME/compiz/compiz-manager

($XDG_CONFIG_HOME по умолчанию ~/.config) для пользовательских настроек.

Поэтому установите команду для модуля Window Decorations на /usr/bin/compiz-decorator и создайте / отредактируйте файл конфигурации, как описано выше.