Что-то здесь очень плохое. Либо диск плохой, либо есть проблема с конфигурацией, о которой вы не знаете или отбросили как переменную. На стороне программного обеспечения RAID вы можете попробовать по очереди, выталкивать один диск из массива и затем тестировать RAID. Соберите, синхронизируйте и повторите с другим членом. Если они работают примерно одинаково, у вас есть более глубокая проблема. kdmflush - это просто отложенная работа, выполняемая устройством mapper.
Запуск iotop -a интересен, поскольку он показывает накопление трафика ввода-вывода с момента запуска iotop. Это поможет вам отследить, откуда идет основная часть трафика.
Так вы тоже работаете с lvm? Я не думаю, что MD использует этот процесс. Если у вас есть снимки, лежащие вокруг, которые вы никогда не удаляли, вы могли бы перетащить вас вниз. Удачи.