atopsar -d 30 - показывает, что жесткий диск (sda) в системе сильно используется.
Есть ли способ узнать, какие файлы сильно используются на жестком диске?
Вы можете использовать lsof (man lsof). Следующее вернет список всех файлов, открытых для записи:
lsof | grep -e "[[:digit:]]\+w"