Что сработало для меня, было создать обертку вокруг wine, которая запустила wine с другим HOME. Например. вы можете создать свой собственный ~/bin/wine (предполагая, что ~/bin находится в вашем PATH), который устанавливает:
#!/bin/sh
export "HOME=$HOME/.wine/home"
exec /usr/bin/wine "$@"
С пустым WINEPREFIX (~/.wine/), Wine создаст символические ссылки на собственный частный домашний каталог в ~/.wine/home/.
Вы можете расширить это до нескольких оболочек для разных префикс Wine (например, для 32-разрядных и 64-битных).