pydot.InvocationException: Исполняемые файлы GraphViz не найдены
Я не смог найти никакого решения, связанного с сервером Ubuntu.
Я собираюсь использовать plot_model из keras.utils import plot_model , чтобы сохранить модель в формате .png . Однако возникает ошибка: «Исполняемые файлы GraphViz не найдены. Полная трассировка находится здесь:
Traceback (most recent call last):
File "/home/user/00_files/project/combined/kfold_loop.py", line 85, in <module>
plot_model(combined_net(), to_file = 'kfold_loop.png')
File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/keras/utils/vis_utils.py", line 133, in plot_model
dot = model_to_dot(model, show_shapes, show_layer_names, rankdir)
File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/keras/utils/vis_utils.py", line 55, in model_to_dot
_check_pydot()
File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/keras/utils/vis_utils.py", line 26, in _check_pydot
pydot.Dot.create(pydot.Dot())
File "/home/user/.local/lib/python3.5/site-packages/pydot/__init__.py", line 1951, in create
'GraphViz\'s executables not found' )
pydot.InvocationException: GraphViz's executables not found
Process finished with exit code 1
У меня есть 0.13.2 версия graphviz и 1.4.1 версия pydot на Сервер Ubuntu 16.04.
Что еще нужно сделать?
К вашему сведению: я получаю доступ к серверу Ubuntu через PyCharm в Windows 10.
1 ответ
похоже, что вы ошибочно принимаете пакет python graphviz ( https://pypi.org/project/graphviz/ ) с приложением graphviz ( https: //gitlab.com/graphviz/graphviz/). Чтобы использовать pydot или graphviz (пакет python), вам нужна рабочая копия graphviz (приложение).
Если у вас нет доступа к sudo, я могу подумать о двух способах
- Использовать conda (рекомендуется)
- Скомпилировать graphviz вручную
Однако, чтобы скомпилировать graphviz вручную без Доступ sudo действительно затруднен из-за множества требуемых зависимостей. По этой причине я рекомендую вам использовать conda.
Conda, шаг за шагом:
- Загрузите miniconda ( https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html )
- Установите miniconda, запустив загруженный скрипт
- Создайте новую среду
conda create -n env_name python = 3.5 - Установите graphviz (приложение)
conda install -n env_name graphviz - Активируйте среду conda
conda activate env_name - Установите другие зависимости Python с помощью pip
edit
Для устанавливая среду conda на автономный компьютер, вы можете установить conda env локально на вашем компьютере разработчика, а затем переместить его на сервер с помощью пакета conda
- Установить среду локально (в аналогичной операционной системе)
- Установить пакет conda на локальная машина
pip install conda-pack - Упаковать среду
conda pack -n env_name - Скопировать созданный
env_name.tar.gzна сервер - Распаковать архив в новую папку (например, env_name)
- Чтобы активировать среду, запустите
source env_name / bin / activate