файл оболочки открывает терминал и запускает последовательность команд в определенном порядке

Вы пытались обновить до natty (11.04), но 11.04 - EOL с 28 октября 2012 года. Взгляните на эту страницу: https://wiki.ubuntu.com/Releases

Вот почему вы не можете обновить - пакет, который вы запросите, существует уже.

Я думаю, вам нужно переустановить с помощью реальной версии Ubuntu (12.04 или 12.10). Или 13.04, который выйдет в конце апреля.