Альтернативный подход - использовать латекс, как описано в этом сообщении (без доступа root, предполагая, что у вас установлен pdflatex): https://tex.stackexchange.com/questions/8662/merge-two-pdf-files-output -by-latex
Это полезно, если у вас нет упомянутых инструментов или привилегий root, но у вас есть pdflatex.
Я скопирую код tex ниже, чтобы объединить file1.pdf и file2.pdf. Создайте файл с именем output.tex и поместите:
\documentclass{article}
\usepackage{pdfpages}
\begin{document}
\includepdf[pages=-]{file1}
\includepdf[pages=-]{file2}
\end{document}
И для компиляции просто используйте: pdflatex output.tex
Объединенный файл будет называться как output.pdf.