Я пытаюсь использовать bbmap ( pileup.sh in = my.fa out = new.txt
) для проверки глубины последовательности сборочных каркасов, полученных из операций чтения illumina.
Используя Linux, я установил java jdk, как вы видите:
$ java -version
java version "1.8.0_121"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_121-b13)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.121-b13, mixed mode)
Также я установил модуль bbmap .
Когда я попытался запустить конвейер: pileup.sh in = my.fa out = new.txt
, я получил следующую ошибку:
Error occurred during initialization of VM
Unable to allocate 207104KB bitmaps for parallel garbage collection for the requested 6627328KB heap.
Error: Could not create the Java Virtual Machine.
Error: A fatal exception has occurred. Program will exit.
Как исправить эту ошибку?