Проблема в точности такая же, как я сказал: Темная тема Ubuntu 20.04 не выбирается в разделе «Цвет Windows» в меню «Настройки»> «Внешний вид».
Обычно на текущей работающей теме есть выделение, которого нет, как на картинке.
Я также пытался активировать yaru-dark из внешнего вида gnome-tweaks, но без толку.