для проблем с циклом ls не работает правильно

У меня есть код, который нужно запускать через Ubuntu. Когда мой код достигает списка файлов, вместо того, чтобы указывать все подпапки в списке файлов, он дает тот же список, что и в списке тем ... почему это происходит? Вот организация моих папок: новые данные, имена субъектов, SEFolders и файлы для обработки или удаления. Ubuntu также не распознает SE, и так называются эти подпапки, например. «SE13» Вместо «Блокнота» использовался Perl.

#!/usr/bin/perl
$subj_path = "/mnt/c/Users/alicj/Desktop/NEWData";

chdir "$subj_path";

@subj_list=ls -d *;

print "The current directory has the following subjects @subj_list \n";

foreach(@subj_list)

{
chomp;
$subj_name=$_;
print "Working on subject $subj_name \n";

$current_path = "$subj_path"."$subj_name"."/";
chdir "$current_path";

print "Starting Reconstruction in the current directory >> $current_path \n";

@file_list=`ls -d SE*`;
print "The current directory has the following files @file_list \n";

foreach(@file_list)
{

chomp;
$file_name=$_;
print "Working on folder $file_name \n";

$file_path = "$current_path"."$file_name"."/";
chdir "$file_path";

`rm -r *.nii`;
`rm -r *.json`;

`dcm2nii -b ~/.dcm2nii/dcm2nii.ini IM*`;

}

}