Вы можете попробовать запустить его в своем собственном сеансе вместо того, чтобы заменить на него текущий WM. В репозиториях есть пакет в репозитории в Maverick - gnome3-session, но если вы хотите, чтобы он запускал скомпилированную версию из-git, вам придется редактировать файл сеанса (возможно, /usr/share/xsessions/gnome3) или создать symlink к версии, которую вы хотите запустить (sudo rm /usr/bin/gnome-shell должен удалить старую версию оболочки из репозиториев, а затем sudo ln -s ~/path/to/your/gnome-shell /usr/bin/gnome-shell должен ссылаться на нее).