Как ни одна из вышеперечисленных проблем не была решена для меня (приводят только к тому, что система исчерпала память), вот решение, которое я нашел:
В /etc/mysql/my.conf вам нужно увеличить MySQLs open_files_limit. Поэтому временно добавьте это в конфигурацию и перезапустите MySQL.
[mysqld]
open_files_limit = 100000
sudo /etc/init.d/mysql restart
После запуска операции, которая дает вам слишком много ошибок открытых файлов, вы можете изменить свою конфигурацию вернуться к своему стандарту и снова перезапустить MySQL.