Не удается установить раздел ntfs на / media

Нет, это невозможно. Другие операционные системы не могут читать пользовательские значки, установленные в папке Nautilus или другими файловыми менеджерами в Ubuntu. Кроме того, система метаданных отделена от самого nautilus, поэтому настройка для пользовательского значка отделена от самой папки.