неожиданный EOF в последней и следующей последней строке при создании псевдонима

см. https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+bug/1173834

Настройка «Показать значки на рабочем столе» включена для меня.

Вы можете получить доступ к этой конфигурации с помощью утилиты «Ubuntu Tweak» в «Tweaks-> Desktop Icons».