.NET framework 3.5 или 4 не работает под вином (источник). Прямо сейчас (март 2011 года) есть некоторые большие ошибки профиля, которые вряд ли скоро будут решены. Вы можете попробовать запустить эту программу с помощью Mono, но, скорее всего, единственный реалистичный способ запустить ее на Linux - это виртуализация.