Ваша команда терминала должна работать, но со следующим изменением:
$ cd scilab-5.4.1
$ cd bin
$ ./scilab
Обратите внимание на «точечный слэш» перед «scilab». «Точка» - это текущий рабочий каталог. Ваша оболочка искала scilab во всех каталогах в переменной среды PATH и не обнаружила ее, предложив вам установить пакет. Do:
echo $PATH
в командной строке, и вы увидите, какие каталоги будут искать.
Это действительно распространенная ошибка - через некоторое время, включая точку слэш, будет вторая натура. Обратите внимание, что вы также можете включить структуру пути в запуск командной строки:
$ cd scilab-5.4.1
$ ./bin/scilab
Надеюсь, это поможет.