Из того, что я могу сказать, LXC имеет некоторые преимущества, такие как доступность на ядре Linux (так что вам не нужно специальное ядро для его использования). С другой стороны, OpenVZ поддерживает живую миграцию.
Вам нужно будет проверить возможности каждого инструмента и посмотреть, какие из них наиболее важны для вас.
Вы можете найти здесь краткий обзор возможностей каждого из них.
Начиная с OpenVZ 4 вы можете запускать OpenVZ на складе Linux 3.0 ядро. OpenVZ по-прежнему выигрывает от собственного ядра; есть некоторые особенности ядра OpenVZ.