Если я не ошибаюсь, программа установки USB добавляет некоторые файлы в корневую папку USB-диска и делает ее загрузочной, добавив некоторый код в главную загрузочную запись.
Вы можете безопасно удалить файлы, созданные установщиком USB, с помощью кнопки «Удалить».
Вы можете восстановить (читать: очистить) MBR (основная загрузочная запись) с помощью следующей команды:
sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sdX count=1 bs=512
/dev/sdX - ваш USB-накопитель, если вы запустите ls -l /dev/disk/by-label, вы помечаете разделы, например:
lrwxrwxrwx 1 root root 10 2011-03-04 22:58 ubuntu -> ../../sda1
lrwxrwxrwx 1 root root 10 2011-03-04 22:58 USBDRIVE -> ../../sdb1
Здесь вы можете видеть, что /dev/sdb является внешним USB. Если ваши разделы не помечены, вы можете использовать sudo fdisk -l для получения списка разделов для каждого диска.
Для перемаркировки раздела вы можете использовать GParted, см. MBR (Master Boot Record) .