Проверьте текущую команду, используемую для запуска горелки, или простой nautilus, в этот момент. Затем в командной строке введите следующее:
Пример:
gksudo nautilus
Затем Nautilus выполнит с правами root для этого окна. Это должно также включать в себя другие окна, которые будут открыты из этого наутилуса.