не может взаимодействовать с гном

Хорошо, потому что вы используете rsync в подробном режиме, вы должны увидеть на своем выходе, где проблема. Обычно это отклонение в разрешении.

Например, предположим, что я хочу создать резервную копию папки ~/.gvfs:

$ sudo rsync -av /home/arrange/.gvfs /tmp
[sudo] password for arrange: 
sending incremental file list
rsync: link_stat "/home/arrange/.gvfs" failed: Permission denied (13)

sent 12 bytes  received 12 bytes  48.00 bytes/sec
total size is 0  speedup is 0.00
rsync error: some files/attrs were not transferred (see previous errors) (code 23) at main.c(1060) [sender=3.0.7]

Итак, мой совет - перечислить через rsync -av и искать аналогичные ошибки.