Ответ на мой отредактированный вопрос сам: NetworkManager действительно отправляет сигнал DBus, который выглядит следующим образом:
signal sender=:1.6 -> dest=(null destination) serial=2031 path=/org/freedesktop/NetworkManager; interface=org.freedesktop.NetworkManager; member=StateChanged
uint32 70
Программы, поддерживающие NM, прослушивают это сообщение и реагируют на него, начиная с использования сети. Невозможно предотвратить это без взлома на NM прямо AFAICT.
Ваш файл /etc/apt/sources.list поврежден. Попробуйте mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak и восстановите неповрежденную версию из резервной копии или скопируйте немодифицированный файл с установочного носителя.