Если вы говорите о реальных приложениях, установленных через PPA, они будут перечислены так же, как и любое другое приложение, и вы удалите его таким же образом. Сами PPA (репозитории) будут перечислены на вкладке «Другое программное обеспечение» в меню «Настройки-> Репозитории». Их можно удалить так же, как и любой другой источник.