Все эти ответы в порядке, но для меня самый простой способ - это удалить их непосредственно с помощью rm -rf.
Представьте, что обновление apt дает следующую ошибку:
W: Failed to fetch http://ppa.launchpad.net/ondrej/php5-5.6/ubuntu/dists/trusty/main/binary-amd64/Packages 403 Forbidden
Тогда вы можете исправить это, сделав что-то вроде:
sudo rm -rf /etc/apt/sources.list.d/andrej*