Не удалось получить доступ к файлу .jar с .desktop

Автоматическая установка была бы плохой идеей. Если вы хотите сохранить некоторую типизацию, вы можете использовать

sudo apt-get install !!

, где !! будет заменен последней командой из истории. Вероятно, вы тоже можете сделать это псевдонимом, но я не знаю, как добавить !!, не оценивая его.

Есть некоторые оговорки, хотя, как упоминалось @ eliah-kagan и @gertvdijk в комментарии. Некоторые программы не имеют того же имени пакета, что и исполняемый файл. Кроме того, при передаче аргументов в двоичный файл это может привести к неожиданным результатам.