Почему DockBarX в официальных репозиториях?

Я протестировал часть, которую вы прокомментировали (и немного изменил ее, чтобы продемонстрировать, что она работает):

#!/bin/bash

TARGET_DIR="protected_$(date +%F)"
if [ -d "$TARGET_DIR" ]
then
    echo "$TARGET_DIR directory exists!"
else
    echo "$TARGET_DIR directory does not exist!"
    mkdir "$TARGET_DIR"
fi

Это результат после первого запуска: [!d1 ]

protected_2012-02-23 directory does not exist!

Это результат после второго запуска:

protected_2012-02-23 directory exists!

Таким образом, он успешно создает $TARGET_DIR в ветви else. Какая ошибка у вас возникла, заставив вас прокомментировать этот раздел?