Да, вообще безопасно их удалять, если у вас не было плохого подключения к Интернету, и вам необходимо переустановить определенные пакеты.
Чтобы удалить их, откройте терминал и введите:
sudo apt-get clean
Вы также можете использовать Ubuntu-tweak и Bleachbit.